La obra de Juan J. Colomer ha sido interpretada por orquestas como la Sinfónica de San Francisco, la Sinfónica Simón Bolívar, la Orquesta Nacional Rusa, la Filarmónica de Los Ángeles, la Orquesta Nacional de España o la Orquesta de París, y profesionales como Plácido Domingo, Mikhail Pletnev o James Levine, en salas como el Carnegie Hall (NY), el Teatro Real (Madrid) o el Palau de les Arts (Valencia).

Ha recibido encargos por parte de la Orquesta Nacional de España, el International Horn Symposium, Spanish Brass y el Festival SBALZ de Alzira, entre otros.

En 2008, el CD «Pasión española» de Plácido Domingo, con orquestaciones de Colomer, ganó un Grammy Latino al Mejor Álbum Clásico.

Su ballet «Sorolla», encargado por el Ballet Nacional de España, se estrenó en Madrid en 2013 y recorrió gran parte de la geografía española, además del Arsht Center de Miami.